久方ぶりの更新です。3月は家でゴタゴタあったりなどしてほとんど勤務できていませんでした。身の振り方等々考える必要がありそうです。まぁそれは置いといて久々の勤務ですが、今はPANTHERの動画構想を練っているところです。まずはいつも通り動画構想のド…

こんにちわ。今回の勤務でデータフォーマットの変換を終えました。そして変換したデータをいろんな条件の元でPANTHERに投げ、表示された結果を条件間、ツール間（GSEAやDAVID）で比較しPANTHERはどういったところがいいかをまとめる作業を始めています。以下…

こんばんわ。前回の勤務でうーうー悩んでいたのは、GSEAの解説動画発展編を見逃していたのが原因でした(ｵｲそんなわけで見逃していたGSEA発展編をみて、ひとまずその通りに解析を実行してうまくいったので、その解析をPANTHERでも行う（昨日のブログの２つ目…

こんにちわ。前回に引き続いてPANTHERの調査を行なっています。PANTHERの発現解析ツールとしての側面を調べる方向で、ひとまずすでに動画として紹介されているDAVIDとGSEAの使い方を勉強。その後、そこで使ったデータセットをPANTHERでも使ってみることにし…

今回の勤務からPANTHERの調査を行いました。調査ログをgoogle documentに残したので、以下貼り付けPANTHER 調査ログ正式名称 The PANTHER (Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships) Classification System http://www.pantherdb.org/PANTHER i…

こんばんわ。今日から新しい動画作成に向けたネタ探しを行なっています。チケット117番のPANTHER http://www.pantherdb.org/ とか面白そうです。これの調査に入る前に…ちと何日か前にDDBJ版のBioProjectのtweetを見かけたので、そろそろ紹介時なのか？多分そ…

こんにちわ。今月3度目の勤務となりました。先月、今月と勤務時間が短いですが、来月からはもうちょい勤務ペースを増やせるかと思います。今日の勤務ではBioMart ｖ0.8の動画のupを音声付きで行いました。（月末掃除もしたよ）今まで音声が無かったので、音…

こんにちわ。今日は東京に大雪注意報が出る珍しい一日です。そんな中新年になって2度目の放牧でした。前回の勤務で3分ほどの動画編集が終わっていたのですが、今回で無事に全編集が終わりました。888888888動画時間はちょっと短くなって6分ほど。BioMart初心…

あけましておめでとうございます。今日が新年なって最初の勤務となりました。今年もまたよろしくお願い申し上げます。今日は前回の動画編集の続きを行いました。動画ファイル7分のうちちょうど半分の3分半まで編集が終わりました。今回はちと動画編集に思っ…

金曜が閉園というのが2週間ほど続いたので、今日が久々の勤務日となりました。今日からBioMart v0.8の動画編集に入りました。動画撮影をやってて判明したことなんですが…ウェブブラウザがchromeやfirefoxならBioMartのカッチョいいGUIの恩恵に預かれるのに、…

BioMart v0.8を解説する動画の構想が一応完了しました。https://docs.google.com/document/d/1HK9EJc_tTZlRrmUR5913OBHWMZTxwa0oGOyeqBJ-wE4/edit今回はバージョンアップされたことによる追加機能を諸々と解説していく形になっているので、中身にまとまりが…

今日は午後から5時間連続の勤務となりました。今月は分生と天皇誕生日で金曜が2度閉園してしまうので、月曜や来週の金曜でまとまった時間とって働く予定です。分生は（というよりは学会は）コミマと聞いてるので、再来週はとても楽しみにしています(^o^)では…

今日の午後の勤務で、前々からデータセットの移行期間か何かで動画を作れずにいたBiomartを見てみたら、なんと！！！！version 0.7からversion 0.8にアップデートされ、サイトのインターフェースがガラっと様変わりしていました。ver0.7での動画 http://togo…

1週間ぶりの勤務となりました。今月はちと勤務数が少なめですね(;_;)とりあえず午前中の勤務で、統合グルメのアノテーションの残りをすべて仕上げました（根津、本郷周り）これで、あとはGoogle siteのひな型にこのアノテーション情報をどのようにまとめるか…

今日は統合グルメに営業時間等を載せてアノテーションしなおし、使いやすくしました。２００〜３００項目くらいチェックして編集しなおした感…手作業だとしんどいですね(´・ω・`)検索かけて営業時間とか調べて載せてって作業をｸﾞﾙｸﾞﾙ繰り返していましたーー…

今日は２時間の勤務となったので、統合グルメのアノテーションではなく、統合グルメの情報をまとめるGoogle site、統合グルメ curatedのひな型作成を行いました。Google siteでできることを色々と試してみようということで、ひとまずGoogle MapやTwitterのリ…

先週は風邪で倒れていたため、2週間ぶりの勤務となりました。Google siteを使って、研究会や学生グループ内でのページを作成するための解説動画を作成することが今月の目標です。Google siteのノウハウを得るために、１つためしにsiteを自分で作ることにし、…

先週の金曜日にGene ontologyの動画のupを完了させ、本日から別のお仕事が始まりました。まずは、upした動画の紹介から。Gene Ontologyを使って特定遺伝子の機能情報を検索する 2011http://togotv.dbcls.jp/20111028.html再アップデート作品となりましたが、…

今回の勤務で動画の構想、撮影が終了し編集に入っています。撮影した動画の尺は3分ちょいなのですが、説明が長くなりフレームの延長を行った結果5分少々の動画になりそうな感じです。構想結果は前回の日記を参照してください。動画の編集は残り1分で終了なん…

前回の勤務で調査を終えたので、本日は動画後半部分の構想を行いました。構想結果はこのリンクを参照してください。https://docs.google.com/document/d/1cI62GBy4cKCO2NFufrOdLBYAXrIuaaZ4gD1bucuVYCQ/edit?hl=ja元動画にGOタームやエビデンスコードに対す…

夜いまいち眠れなかったときの勤務はさすがにしんどいですね。はじめです。眠い目をこすりながら、今回はGene Ontologyの動画の後半部分の、自分がオリジナルで付加する予定のところの調査を行いました。説明として加えたいのはGO term間の関係を表すtermと…

10月2度目の放牧です。過ごしやすい気候になってほのぼのと作業ができています。今回作るGene Ontologyの動画は旧作のアップデートとのことなので、動画の大筋はだいたい出来上がりました。なので、ひとまず構想をまとめる作業に着手。動画構想はいつものよ…

本日からGene Ontologyの動画作成をはじめています。Gene Ontology 作業ログ元動画 http://togotv.dbcls.jp/20090722.html#p01 the Gene Ontology http://www.geneontology.org/ホメオボックスタンパク質のNanogを元動画では取り上げている ホメオボックス h…

集中放牧最終日、今日からはGene Ontologyの動画つくろうかなと思ってたら、チケット102のついでにチケット63の統合TV Curatedのカテゴリー分類アップデートをやってしまおうという話になり、今日はこの作業を行うことにしました。どんなことをやったのかと…

さて、次作の動画を何にするか検討をはじめています。 本来なら前回に続いてチケット#11のBioMartを終わらせようと思っていたのですが、BioMartのデータセットの移行期間と被ってしまい、先日動画にあげた方法を行ってエラーが出てしまうので、明日までBioMa…

チケット#102 旧バージョンの番組の説明に新作へのリンクを明示 がようやく終了しました！！ 動画のリンク貼り替えだけではアレだったんで、動画のスーパーの変更、Youtubeのリンク先の変更、新作があることの明示を行いました。 youtube版がそもそもupされ…

集中放牧2日目が終了しました。 無事に、BioMartを使ってさまざまなIDの変換対応表を作成する の動画のupが完了しました！！ http://togotv.dbcls.jp/20110927.html 8/11に作り始めて…なので1ヶ月半かかってしまってます(；・∀・) まぁ勤務時間ベースで考え…

今週1週間はフルで牧場勤務して、Biomart関連の動画2本とチケット102を終わらせる予定です。まずはID変換対応表の動画。今日でようやく動画の構想、撮影が終了し編集に入っています。思った以上に長くかかりました。一度遺伝子の上流配列をBiomartで取得する…

集中講義後、初の牧場でした。今回は動画の後半部分の、自前のIDリストから別のIDの変換対応表を作成するについての構想を練るにあたって、自前のIDリストを作成する作業を行いました。具体例を混じえたくて相談した結果、自分の興味のある遺伝子とかを論文…

お久しぶりです!!帰省後夏期講習のバイトを入れるなどしたために、牧場には約1ヶ月ぶりに来ました。 テストも前半戦終了して、後半戦と集中講義が残ってますが、来週は牧場に通う時間も見出したいところ。今日は前回に続きBioMartの動画構想を練ってましたが…