悪戦苦闘中

こんにちわ。前回に引き続いてPANTHERの調査を行なっています。

PANTHERの発現解析ツールとしての側面を調べる方向で、ひとまずすでに動画として紹介されているDAVIDとGSEAの使い方を勉強。

その後、そこで使ったデータセットをPANTHERでも使ってみることにしました。

以下、調査ログコピペ

PANTHERの解析ツールには２つのオプションがあって、

１，Compare gene lists

遺伝子リストを投げることで、遺伝子機能ごとに分類したものを返す。

DAVIDで紹介された解析方法と近い。

２，Analyze a list of genes with expression values

遺伝子と発現量をセットにしたリストを投げることで、解析を行う。

GSEAで紹介された解析方法と近い。

１の機能は発現解析というよりは遺伝子の機能によるクラスタリングツールといったところ。

DAVIDの統合tv内で使われていた遺伝子リストのIDをconvertすることでPANTHERでも同様のことが可能であった。

２の機能が発現解析のためのツールのようだ。

使うためには遺伝子のIDリストと発現量の数値がセットになったリストを用意しなければならない。

だが、GSEAで用いられているファイルは独自の形式のものが使われておりそのまま適用できない。

PANTHERの解析に向いたデータセットを用意するか、PANTHERの解析で使えるようなデータセットをGSEAのサンプルデータから作り直す必要がある。

今現在作り直しの段階。

２つ目の機能について解説することが求められているような気がするのですが…まだ調査しきれていません。

んーなんか詰まってしまったような、もやもやしたような感じです。多分理解しきれてないのでしょう。

明日の勤務で再度考えなおして、どういった紹介をすればいいかを決めていこうと思います。