Gene Ontology再調査 - shell

夜いまいち眠れなかったときの勤務はさすがにしんどいですね。はじめです。

眠い目をこすりながら、今回はGene Ontologyの動画の後半部分の、自分がオリジナルで付加する予定のところの調査を行いました。

説明として加えたいのはGO term間の関係を表すtermとそのグラフ構造について、そしてGOtermが付与されることとなった証拠に対するコード、エビデンスコードについてです。

googleドキュメントに作業ログをまとめているので、貼り付けます。

10/12作業ログ

コードの種類が多くて、分類の基準も多様なのでこれを動画で説明するのは長くなってしんどそう。
視聴者にこのリンクを示して、必要があれば見てもらうようにしたほうが良さげか。

・is_a…
A is a B　はA→B（青色の矢印）で表され、その意味は、AはBのサブタイプ（亜型）であるということであり、AはBの具体例を示しているわけではない。

・part_of…
A is part of BはA→B（オレンジ色の矢印）で表され、その意味は、Aが存在すれば必ずBが存在するということである。

・regulates…
A regulates BはA→B（紫色の矢印）で表され、その意味は、AはBというプロセスに影響するということである。BはA以外のものからも影響されうる。

・positively regulates…
regulatesの意味をより明確にした、regulatesのsub-relationの１つ。
A positively regulates BはA→B（緑色の矢印）で表される。

・negatively regulates…
regulatesの意味をより明確にした、regulatesのsub-relationの１つ。
A negatively regulates BはA→B(赤色の矢印)で表される。

どうやらGene Ontologyサイト内にはテーマに応じたイントロのページが多数用意されていました。

An Introduction to the Gene Ontology
http://www.geneontology.org/GO.doc.shtml
前回の調査ではこのいかにもイントロっぽいページを読んでたのですが、イマイチ情報量が足りず困っていたら色んなイントロのページがあることに気づき…

まぁ無いよりはマシですね。おかげでrelationsについては完全に把握できました。

これで動画の後半部分は作成できそうです。

次回の勤務で動画撮影を終えて編集作業に入れればと思います。