BioMart ｖ0.8の動画完成
こんにちわ。今日は東京に大雪注意報が出る珍しい一日です。
そんな中新年になって2度目の放牧でした。
前回の勤務で3分ほどの動画編集が終わっていたのですが、今回で無事に全編集が終わりました。888888888
動画時間はちょっと短くなって6分ほど。
BioMart初心者向けにIDから遺伝子情報を取得する内容にv0.8になったことによる新機能紹介を付け加えた動画となりました。
今日は12時閉園ということでupは来週、統合TVへの音声付与も合わせて行う予定です。
そいえば今日編集してて初めてカムタジアの吹き出し移動バグに遭遇しました…
アレはひどいですね。3分先のところに前の吹き出しが来てたりフェードアウトが消えてたり。
しかも復旧させるには手作業で戻すしかないときた。
今後、原因究明＆対処法を探してみたいところです。
今日は時間がきたのでこれくらいで。お疲れ様でした。
以下私的メモ
Ext1,Ext2をどこから引っ張ってきたかを動画の説明文に載せる
新年初勤務
あけましておめでとうございます。今日が新年なって最初の勤務となりました。
今年もまたよろしくお願い申し上げます。
今日は前回の動画編集の続きを行いました。
動画ファイル7分のうちちょうど半分の3分半まで編集が終わりました。
今回はちと動画編集に思った以上に時間を取られていますが、動画撮影時に吹き出し文の時間を見積もって撮影し損ねていたため、編集でフレーム延長をいたる所に施しているからやと思われます。
動作撮影する前に普段は全吹き出し文を作成しているのに、今回は久々の動画撮影やったこともあってこの事を忘れていました。
動画の作成スタイルは人によって異なりますが、動画の構想段階で全部吹き出し文まで作成し、撮影後は吹き出しをコピペでサクサクっと作成するほうが所要時間は結果的に少なくなるような気がします。（自分の場合はですが…）
進捗が芳しくないですが、来週の勤務で動画完成＆upまで持っていく予定です。
次の勤務はID対応の説明から入るということをメモとして残しておきます。
話は変わりますが、今年の統合牧場収穫祭は3/16or23（金）に行われるそうです。
多分3/16になりそうな感じです。
その時までに生情の後輩たちを誘っとかんといかんですね。早めに声かけときます。
それでは今日はこのへんで。お疲れ様でした。
動画構想完了
BioMart v0.8を解説する動画の構想が一応完了しました。
https://docs.google.com/document/d/1HK9EJc_tTZlRrmUR5913OBHWMZTxwa0oGOyeqBJ-wE4/edit
今回はバージョンアップされたことによる追加機能を諸々と解説していく形になっているので、中身にまとまりがない感じが否めません(´・ω・｀)
とりあえず撮影してみて、サイズが大きすぎれば分割することも視野に入れて動作作成を行なっていく予定です。
来週は分生期間ということで、月曜にしか伺えませんが、そこで動画の撮影を終えて編集まで入れればと思います。
Biomart v0.8を解説する動画の構想中
今日は午後から5時間連続の勤務となりました。
今月は分生と天皇誕生日で金曜が2度閉園してしまうので、月曜や来週の金曜でまとまった時間とって働く予定です。
分生は（というよりは学会は）コミマと聞いてるので、再来週はとても楽しみにしています(^o^)
ではでは本日の作業ログです。
http://first.lifesciencedb.jp/archives/3537#more-3537
Ext1,Ext2は細胞膜表面のペパラン硫酸鎖の付加に関わる酵素活性を担っており、ペパラン硫酸鎖がFGFシグナルの局所的な受容にはたらく という論文。
Ext1,Ext2に着目してみる。
動画のおおまかな流れは以下の通り。
Ext1,Ext2を題材にVEGAのIDからその他descriptionを取り出してみる。
Ext1 http://central.biomart.org/martreport/?report=report&mart=gene_ensembl_report&ensembl_gene_id=ENSG00000182197&datasets=hsapiens_gene_ensembl
VEGA Gene ID： OTTHUMG00000059718
Ext2
http://central.biomart.org/martreport/?report=report&mart=gene_ensembl_report&ensembl_gene_id=ENSG00000151348&datasets=hsapiens_gene_ensembl
VEGA Gene ID： OTTHUMG00000166498
取り出したあと、単純にGeneでサーチをかける方法のGene retrieval、ID converter、Identifier Searchなど新機能の紹介。←sequenceは従来の検索方法では表示できず、sequence retrievalから検索する必要があるということを動画の中に入れておく。
動画のおおまかな流れができたので、調査を継続しながら、動画の構想に入りました。
動画の構想についてはいつものように、Googleドキュメントに書いたものをupします。
動画構想その７
https://docs.google.com/document/d/1HK9EJc_tTZlRrmUR5913OBHWMZTxwa0oGOyeqBJ-wE4/edit
構想は今んとこ1/3から半分ほど終わった感じです。
次の勤務までには構想を終えて、動画の撮影をはじめるラインまでいければと思います。
本日もお疲れ様でした。
Biomartバージョンアップに伴い…
今日の午後の勤務で、前々からデータセットの移行期間か何かで動画を作れずにいたBiomartを見てみたら、なんと！！！！
version 0.7からversion 0.8にアップデートされ、サイトのインターフェースがガラっと様変わりしていました。
ver0.7での動画 http://togotv.dbcls.jp/20110927.html#p01
ver0.8のサイト http://www.biomart.org/
わぁ…なにこれ〜ぜんぜんちがーう（棒
ってことでBiomartの動画updateしなおしが確定しました。
チケットも112番が気づいたら作成されていましたし丁度いいところです。
統合グルメcuratedの編集＆google siteの開設方法の解説は2週間ほど後回しにし、
ひとまずチケット112をチケット11に対して行うことを優先させることにしました。
以下、作業ログです。
チケット112”BioMart v0.8への対応”をチケット11”Biomartを使って、IDから遺伝子のDescriptionなどを取ってくる”で行う。
biomart (http://www.biomart.org/)のversionが0.7から0.8になり、インターフェースが大きく様変わりしました。
Biomart software のマニュアル http://www.biomart.org/other/rc6_documentation.pdf
今まで通り、ブラウザ上で操作するためには、Proceed to Bio Portal にアクセスする。
BIomart Central Portal http://central.biomart.org/
従来の検索はDATABASE SEARCHの窓から行える。
これに関してはほぼ前のversionと同じ。検索結果数を表示するcountが無くなったのはきついが…
利用するデータベースは羅列された一覧から選ぶのではなく、type,organism,データベース名によるアルファベット順の３つのソーティングから選択できるようになり、利便性が増した。
付け加えられた検索方法は数多く存在している。
１，Identifier Search
データベースのID,もしくは遺伝子名(全一致)から該当の遺伝子を特定する。
２，ID converter
手持ちのIDリスト1種を、別のIDリスト1種に変換される。
1:1対応の変換でよければ従来のよりもはるかに楽。
３，sequence retrieval
従来の検索においてsequenceに限定した簡易版。余計な部分が切り落とされており、目的がはっきりしていればこっちのほうが使いやすい。
４，５， Gene retrieval 、Variant retrieval
３と同様。
また、遺伝子の検索結果をBiomart内独自のGENE REPORTで見ることができるようになった。
ex:ENSG00000146648 [EGFR]
http://central.biomart.org/martreport/?report=report&mart=gene_ensembl_report&ensembl_gene_id=ENSG00000146648&datasets=hsapiens_gene_ensembl
結構変更点がてんこ盛りでございますΣ
従来とほぼ同じ検索方法だと、動画の編集も早いのですが…
ちとそこまではどうなのか、午後の勤務では調べられなかったので、次回以降に回すことになります。
それでは、今日はここらへんで。今から諸々お祝い会ダゼィ！！
アノテーション完了
1週間ぶりの勤務となりました。今月はちと勤務数が少なめですね(;_;)
とりあえず午前中の勤務で、統合グルメのアノテーションの残りをすべて仕上げました（根津、本郷周り）
これで、あとはGoogle siteのひな型にこのアノテーション情報をどのようにまとめるかですね。
コンテンツは前の日記に載せた感じで行こうと思っているのですが…
Google siteの作り方には実は2通りのやり方があるらしくて、
１つは、ひな型を作成したように、一から基本テーマを選んだあとデザインしていくパターン。
もう１つは、あらかじめ作成されているサイトのテンプレートを引用して、そこに手を加えていくパターン。
後者のほうが圧倒的に早く作れそうな感じはあるのですが、自分が作りたい内容に適用できるテンプレートが用意されているかどうかを検索しなければならないみたいです。
本題である学術用の研究会のページ、クラスページなどの作成には適したテンプレートが用意されているようです。
動画の本題を考えると前者だけでなく後者のやり方もどのような感じなのか一度作成してみる必要がありそう。
午後から、雑用が終わればまた戻って来て勤務する予定です。
