Biomartに立ち戻る
４作目のBioProjectの動画も無事に上がり、５作目の動画を考えていたところBiomartのチケットがいっぱいあったのでそれらを作成していくことになりました。
どうやら目的に合わせて細かく作っていく方針らしぃ。
細かくやるならそこまで時間かからなさそうだし、サクサク作っていければと思います。
では本日の作業ログです。
8/8作業ログ
チケット ＃74
Biomartを使ってさまざまなIDの変換対応表を作成する
の動画作成に入ります。
動画方針
１，自分が持っているIDリスト（ex:Refseq ID)から別所のIDリストを取得する。
２，自分が探したい遺伝子に対して、様々なデータベースのIDと一緒に表示させ対応させる。
３，IDについての説明を加える。
１，２の方法は理解済み。３はhttp://togotv.dbcls.jp/20110723.html#p01を参照。
まずはIDを付与しているデータベースにどういったものがあるのかを調べる。
・Ensemble Gene、Protein、Transcript
http://www.ensembl.org/
・Pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
・PDB（Protein Data Base)
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
・ENBL（Genbank)
http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch
・Protein（Genbank)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein
・CCDS
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi
・LRG
http://www.lrg-sequence.org/
・Entrezgene
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=search&db=gene&term=23646[uid]
・VEGA gene
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=vega;g=OTTHUMG00000152736;r=19:40854491-40886346
・VEGA transcript
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?db=vega;g=OTTHUMG00000152736;r=19:40854491-40873743;t=OTTHUMT00000327725
・HGNC
http://www.genenames.org/
・IPI
http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+[IPI-acc:IPI00830122]#Sequence
・MEROPS
http://merops.sanger.ac.uk/
・Rfam
http://rfam.sanger.ac.uk/
・miRbase
http://www.mirbase.org/index.shtml
・Refseq DNA、Protein、Genomic
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
・UniGene
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=unigene&term=Hs.50861
・UniProt/SwissProt
http://www.uniprot.org/uniprot/Q9Y6E7
・Human Protein Atlas Antibody
http://www.proteinatlas.org/ENSG00000089163/summary
そしてマイクロアレイのプローブIDが諸々…
とりあえずリストアップが完了。
知らなかったデータベースに関して、軽くどんなものかを調べていく予定。
どういったデータベースがよく使われているかを調べて、それらのIDに関して取り扱っていく予定。
マイナーなのも少しは入れたいので、今回の調査をやっています。
今日は（勤務時間が）短いですがこのくらいで。
久々お店で飲んでくるので、次は水曜、木曜に伺います。
